農業 特に個人の農業所得は事業税が課税されないため 農業所得とそうでない所得の区分が大事になる。
例えば
農協の出資配当 配当所得
建物更生共済など共済金の満期共済金 ＝一時所得
農業委員会の委員報酬＝給与所得
また農産加工業、農家民宿、農業兼営でない畜産・酪農業は事業所得となる。 肉用免税も農業所得にならないと適用されない。
また農業には様々な補助金などの雑収入がある。
消費税のかかるもの かからないものに分けて区分すると
受託作業料＝雑収入(課税）
農事組合法人から受ける従事分量配当金（課税）
農機具10万未満の売却や農機具の賃貸料(課税） 農機具などの譲渡は譲渡所得となる。
農作業受託料(課税）
農業組合法人から受ける従事分量配当は雑収入(課税）
補助金などで消費税が不課税なもの
価格補てん金 直接支払交付金などの作付助成
規模拡大交付金
収入減少緩和交付金等
青色申告法人で認定農業者等の個人、農業生産法人、認定新規就農者が水田活用、畑作物のための直接支払交付金などを交付された場合、農業経営基盤強化準備金という特例がある。
その交付金を受けたとき認定計画を立て、農業経営基盤強化準備金として積み立てた金額（交付金の額を限度とし、その年分の事業所得の金額を限度とする）を経費とすることができる。
7年後に積み立てた分で取崩していないものは収入になるので青色申告特別控除や所得控除を加算した所得を限度とすると無駄がない。
特定農業機械等を取得した場合は、準備金を取り崩し同額を圧縮損にしてさらに減価償却を通じて課税の繰延ができる。
準備金を積み立てていない場合は直接交付金で圧縮損をすることができる。
またこの規定を受けないトラクターなどの新品の農業用機械は青色申告中小企業等の機械等を取得した場合の特別償却の対象となる。
農業の原則は収穫基準だが、収入の計上基準はＪＡや市場を通す場合
野菜は受託者販売日基準で手数料等は控除する前の総額で計上 手数料は経費となる。
米はＪＡでいつ販売されたかは不明になりますので概算金、精算金で計上してもよい。
自家消費の金額は課税売上とする。（所得税では通常販売価格の7割、消費税では5割）
野菜については生鮮食料品の性質上棚卸は省略できる。
また何年も果実のなる果樹などは減価償却の対象となる。(実がなるまでは育成仮勘定 もも 5年 なし 8年 りんご10年 みかん 15年）その後は各々の生物の耐用年数による。
農業は簡易課税制度を使うことも多い 通常第三種だが作業受託収入は第四種 賃借などは第五種 75％以上第三種ならすべて第三種が使える
今後消費税の軽減税率が使われると売り上げは８％ 仕入は１０％ということになるため本則課税の方が有利になるケースが出てくる。
改正で消費税のみなし仕入れ率を平成31年10月1日より第二種80％に引き上げられる。
いずれにせよ簡易課税制度適用不適用はその事業年度開始前までに提出しなくてはならないためシミレーションが必要であろう