税務調査の一番の重要なポイントは売上の把握
そこを考えると医療は特に社会保険診療や国民健康保険等は制度で１点１０円と決まってますし未収金は通帳に必ず入ってくるので売り上げの除外というのはあまりないのではないかと思います。
自由診療の多い歯科医院、美容整形 産婦人科などは今はクレジットが多いので把握も可能です。
歯科の金属などの雑収入をきちんと計上し整形外科の自賠責保険などの未収入金なども治療をした時の収入なので注意です。
学校医などの収入は源泉徴収されますから個人の確定申で給与所得（消費税非課税）になります。
これだけ売上がきちんとしている業界ですが税務署的にはやはり利益率も高いとあって
重点業種にしているようです。 個人事業主などは普通の調査官でなく特官扱いです。
税理士の税務調査は必ず統括官が来るので同じようなものかな
売上は問題なくても経費は裁量が入る余地があるので経費性のない個人的な経費は入れないことが肝心です。 特に交際費などはあまり経費にならないので注意です。
医師会などでひかれているのは第二種国保料（法定福利費）や医師会等会費以外は
経費にならないものが多いので注意です。所得補償保険などは経費になりません。
医科歯科大学の同窓会、ライオンズ ロータリーなどの会費は個人の場合経費にならないので注意です。 経営セーフティ共済や小規模共済は個人事業主の場合経費適用可能なのですが
医療法人の場合適用できません。（個人から法人になる場合は解約になります）
特別償却も医療機器は器具備品なので中小企業等の特別償却の対象になりません
５００万以上の一定の資産は特別償却の対象です。