動物病院は、法人化する場合医療法人でなく株式会社の形をとる。
ある程度以上の収入がある場合、税金面、生命保険加入 退職金 、人材確保、Ｍ＆Ａ 後継者対策などにより法人化のほうが良い場合も多い。
社会保険診療など非課税収入が多い医業などと違い収入が課税売上のため消費税がかかる。
最初の設備投資以外は労働分配率の高い業種なので簡易課税が適用される場合（第五種）簡易課税のほうが有利なケースもある。人件費が少ない場合そうでない場合もあるのでシミレーションが必要だ。
診療業務以外にペットホテル、トリマー ペット用品販売 ペット販売と併設など複合的に経営する場合もあるが、人の面での確保もあり一概に経営面でプラスともいえない。 ペット用品販売は簡易2種それ以外は5種
収益計上は医業とともに診察の役務の提供を受けた日になる。クレジット対応もほとんどの動物病院で対応されてきているのでクレジットによる未収金も漏れないように把握する。
ペット保険に加入する飼い主も増加してきているので保険収入が保険会社に請求するケースではその未収金の把握も必要である。
すべてが自由診療となり現金商売となるため収入把握が一番のポイントである。
また薬品などの在庫計上も税込経理なら税込 税抜経理なら税抜として在庫表を作成し必ず把握することが必要となる。
獣医師は医療保険業に該当するため１台の取得価格が５００万以上の高度な医療の提供に資するものなど一定の機械装置器具備品について特別償却１２％の対象になる場合がある。
