医療機関は医療法人 個人かかわらず税務調査の重点業種でもある。
特にクリニックに関していくと保険診療（社会保険、国保）はレセプトにより診療報酬明細1点10円で請求するため診療収入について除外等はあまり起こらない。
その月の分の診療収入が翌々月に振り込まれる。
ポイントは自由診療のほうだ。クレジットなどでも支払が増えているが現金売上で報酬単価もまちまちでもあるので特に自由診療割合の高い
歯科、美容外科、皮膚科、産婦人科などは要注意だ。
クレジットの場合明細を取り寄せ未収金の計上もれに注意したい。経営面からすると自由診療を増やすことが増収増益につながるポイントとなる。
消費税の点でも社会保険、国保は非課税、労災収入や自賠責などの保険収入も消費税の対象外のため自由診療や雑収入が消費税の対象になる。
自治体において小児科などで医療助成が行われるがそれも消費税非課税となる。
医業においては年間の保険診療報酬が5000万以下か年間の医業収入が7000万以下であると概算経費率の特例があるので使える場合実経費とのシミレーションが必要だ。
また医療機器については、中小企業の特別償却や 商業・サービス業・農林水産業活性化税制の特別償却は使えない。
経営セーフティ共済も個人の医業は使えるが医療法人は使えない。
医療用機器で新品（リースや中古は適用外）一定のもの500万以上のＣＴや超音波設備などは特別償却の対象12％となる。 実際に納品し使用する状態であることが肝心なので期末直前にならないよう医療用機器の投資は計画的に行うと良い。
医業の在庫も注意 特に歯科など技工士への預け在庫がないか 高額材料の計上漏れがないかチェックが必要だ。 また金属材料など業者へ売った場合の雑収入などもチェックポイントだ。
経費については医業に関係のない経費は計上せず、従業員のための福利厚生費用、研修費用、医院の内外装消耗品等 ホームページなどの広告宣伝費などは経費になるだろう。
どちらかというと接待をされる側の立場のため交際費などは大きくならないのが普通である。